边防荒废还有一个重要原因。朱元璋时，平时只让出生本地的士兵和有罪谪戍者守边，边境有事才调动内地的军队，称为客军。后朱棣命内地的军队都得轮流戍边，称为边班，从此边兵逃亡的人数逐渐多起来。
而边军的屯田制度，从宣德、正统时起也开始遭到破坏，分驻各边镇的亲王、太监、军官等都争相侵占屯田，役使军丁为他们耕种，军丁不堪虐待，逃亡的就更多了。
当时，象山西、河南巡抚于谦，宣大巡抚罗亨信深知问题的严重性，对宦官及私党所为极为不满，为维护屯田制度不废余力，象于谦就曾“尽夺镇将私垦田为官屯，以资边用”，而罗亨信也迫使明廷停止征收军丁私垦田的田税。
尽管如此，边军屯田仍然不能做到粮食自给，朱元璋曾下令盐商只能拿边境的粮食来换盐引，于是富商大贾纷纷出钱召募农民到边境开荒垦田，边境的粮仓也因此充足了。
但到了孝宗弘治年间，又让盐商纳银换引，而由太仓供给边境用粮，盐商自然不管边境的粮仓是否装得满，边地又日见荒芜，边境粮价越来越贵，边军用粮也就越来越困难了。
武宗后，边将冒饷，边兵逃亡，诸如此类的事可谓司空见惯，边备日渐废弛。这种情形可以说一直延续到大明灭亡都没有得到有效解决。
张居正在担任阁臣（共六年）与首辅（共十年）期间，尤为重视九边重镇的建制，也做出了相应一系列的军事改革，其宗旨可以概括为八个字：外示羁縻、内修守备。
一方面，张居正以“积钱谷、修险隘、练兵马、整器械、开屯田、理盐法、收塞马、散叛党“八事督课边臣，务必使边防军事落之实处，行之有效；
另一方面，张居正知人善任，赋予总兵官很大权力，大胆任用能独当一面的将领全权处理边防事务，像王崇古、谭伦、方逢时、梁梦龙、戚继光、李成梁，包括镇守南方的殷正茂、凌云翼都是其杰出代表。
张居正励精图治的改革，使得九边荒废的问题有所缓解。
也的确，在张居正执政期间，北边没有发生过大的战争。
但像辽东、宁夏等镇潜藏的隐患依然还在，并未得到实质性的解决。
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