到了万历初年，全国田赋收入比明朝初期整整减少了一半。
对于以田赋作为主要财政收入的明朝来说，纳税田的数量减少直接导致了财政收入日益缩减。
但庞大的皇室宗亲及行政机构开支有增无减，以及官员的贪污和浩大的军费，都极大的加重了明朝财政入不敷出的程度。
第二，人口流失，可控的人口急剧减少。随着官僚地主兼并土地的愈演愈烈，明朝实际控制的人口也开始不断减少，大量农民纷纷破产，或流亡荒野他乡，或卖身于豪强为奴。
以至于明朝建立之初，全国户口总数尚有一千六百多万户，但到了弘治四年（即公元1491年）全国仅剩下九百多万户，虽然后来有所缓升，但明朝控制的人口数大量减少是事实。
相应的也会导致土地荒废、赋税和徭役的征发困难，必然会加重明朝财政及经济发展的困境。
第三个根源，赋役不公，百姓负担沉重。明朝的赋役制度，是沿用前朝的两税法，田赋有夏税和秋粮之分，役法有里甲、均瑶、杂泛，所以赋税和徭役是分开的。
税是按田亩数量进行征收，对象是田。徭役征发的对象是户丁，这种赋役的征发方案，理论上是公平的。
但是自嘉靖、隆庆之后，官僚豪绅们在拥有优免定额的权利以外，还运用各种舞弊的手段，逃避赋役。
他们通常会买通胥吏，用“飞洒”，“诡寄”等方法，巧妙规避，逃脱赋役责任，而将繁重的赋役转嫁到贫苦的百姓头上，以至于出现了“富者田广而赋役轻，贫者田狭而赋役重”和“有有田而无赋者，有有赋而无田者”的情况。造成赋役严重不均的现象。
在这些因素的恶性循环下，明朝的社会经济危机和政治危机日益凸显，国困民穷的现状逼迫着明朝开始寻觅改革自救的办法。
张居正推行改革正是基于这种种困境，迫使明朝不得不作出改变。
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