乾元殿内，还有无数大臣在角落或是桌案下瑟瑟发抖。叛军的主要目的是皇帝，这些大臣杀了无益，所以倒算是他们幸运。只要是没有满哪乱跑撞到刀口的，其余人还算安全。
搜索的士兵将一众大臣们全都拽了出来，但是并没有放他们回家，而是将大殿中收拾干净后，将这些人暂时看押了起来。
这是云霖的命令，这个时候，宁可错杀一千，绝不放过一个。谁知道这些人之中，有没有叛军的同党？当时那些鼓动着要让东南大军进京受赏的大臣，都有嫌疑，不查清楚了，哪个也别想离开。
另外，云霖也传令城中各处，四城门全部紧闭，不许放走任何一个人。南城门的守卫，由云震带人去暂时接替，等到事情结束再说。
太医院的所有御医，这时全部都从家里被挖了过来。就连京城中的所有药铺医馆，也全部被叫开，所有的大夫都必须参与治伤。
沈鸿骏带进城的那三千人，找到时已经全数昏迷不醒了。在御医看过之后，说是中了强效的蒙汗药而已，等着药效过了就会醒来，不会有生命危险。
身受重伤的沈忠，也被找到了，在御医的全力救治下，倒是保住了性命。
沈鸿骏伤势倒还不算特别严重，只是脱力了而已。在御医给包扎结束后，便在沈宁嫣和云霖的命令下，接管了京城兵马指挥司。
京城兵马指挥司的指挥使，在抗击暴徒之时，被暴徒和叛军杀死，同知也受了重伤。指挥司所辖总共两万余人，除去守卫城门的，还有各处巡逻后来赶到的之外，其余死一千余人，重伤三千七百余人，其余轻伤无数。
兵马指挥司负责整个京城的安全，事关重大。沈鸿骏无奈之下，将自己带回来的将士中，抽调两万人，临时负责京城的安全和秩序。
“立即挨家挨户盘查，盘问最近五日之内，各客栈酒楼，还有民宅，可有收留外地人的？那些身穿百姓服色的暴徒，定然是提前进城隐匿起来的。两万多人呢，又不能从天而降，定然有地方躲藏，一定要找出来。”指挥司的官衙内，沈鸿骏坐在椅子上，一项项的发号施令。
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