他还建议，将原来的守御千户所和土司千户所全部合并成正规的卫所，每个卫所下辖五个千户所，这样算下来，大明的卫所就达到了将近五百个；
他还建议，恢复卫所的操练，每年在农闲时节，所有卫所必须组织手下屯卫操练一个月，以保证明军的兵源质量；
这些建议都说到朱慈炅的心坎里去了，他自然不会反对，他甚至又想站起来拍着孙元化的肩膀大赞一番，但是，这个计划最关键的部分，屯卫大迁移的具体规划还没看呢，他只能耐着性子往后翻去。
按孙元化前面的建议，屯卫整编之后，大明的卫所总数将接近五百个，而各省都指挥使司所需的卫所却只需要两百多个，也就是说剩下的两百多个都可以迁往西伯利亚。
这个迁移自然不能乱迁，屯卫可不是光屯那里休息，他们还要结婚生子，还得种田吃饭，有的军户家里老少三代加起来足有十多人，所以，要迁移屯卫，首先必须给他们解决吃住的问题，屯卫可是没有粮饷的，你不给他们耕地，他们非饿死不可。
按孙元化的计划，第一批将迁移一百多万军户前往西伯利亚高原，而那里耕地并不是最主要的，主要的还是山地和林地，当然如果纯算耕地面积，那也是相当恐怖的，只是那边并封期长，一年只有五六个月适合耕种，收成自然不能和大明内陆相比。
根据这一情况，孙元化建议，分给屯卫的用地应该分为三类，那就是耕地、草地和林地，而且面积必须翻倍。
像耕地，一般屯卫每户都是五十亩左右，要到了西伯利亚，五十亩一家人根本吃不饱，最少要一百亩，所以，孙元化建议，迁往西伯利亚的屯卫如果分配耕地，最少每户要翻五倍，分配两百五十亩；
还有草地和林地，那只能靠养殖和打猎过活，所需要的地域就更广了，对于这类卫所，孙元化建议，面积最少要扩大百倍，也就是说，每户最少要分配五百亩，这样算下来，每个千户所也就五六万亩，不到五十平方公里的面积，一千户，五六千人，真不算多。
朱慈炅对这份屯卫大迁移计划自然是满意之极，他看完之后，好好的赞赏了孙元化一番，又令曹化淳马上拟旨，就按孙元化建议的内容，令各省都指挥使司立刻开始整编，按兵部要求，同时结合军户意见，将多余的卫所全部整编出来，准备接受兵部的调遣，迁往西伯利亚。
同时，他还下旨，令户部立刻派出官员前往西伯利亚，丈量土地，统计人口，规划区域，将原来的游牧民所需的河谷草地划出来，其他的，全部留下来，准备分给屯卫。
其实，西伯利亚汗国人口并不多，而且大部分都集中在西伯利亚平原，在西伯利亚高原游牧的部落，总人口也就几十万，那么广袤的区域，迁移一百多万户屯卫过去一点压力都没有，甚至还有大部分地方还是空着的。
随着屯卫的迁移，西伯利亚的常驻人口结构有了根本性的转变，以前，整个西伯利亚汗国人口都只有两百多万，而这次计划迁过去的屯卫就有两百多万户，一千多万人口！
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