当然，期间对于李孝恭的功绩，也有一些非议。
攻略巴蜀和平定江南，基本上没有什么高烈度的战斗，大多数是拉关系套近乎，拍胸脯许好处，巴蜀三十多个州，岭南四十九个州都是这样纳入大唐版图的。
至于扑灭后梁萧铣和击破辅公祏，不要忘了李孝恭身边还有一位神队友——大唐军神李靖。
尤其是李孝恭亲自指挥的两场战役都已惨败收场，令他的声誉难免沾染瑕疵——第一次，安定巴蜀之后，一个蛮族首领冉肇则兴兵犯境，李孝恭打了败仗，李靖前来救场，只带了八百士兵，就干掉了冉肇则，还活捉五千多敌军。
第二次是在平定萧铣的过程中，唐军在出其不意取得初战胜利之后，李孝恭头脑发热，不顾李靖的劝阻，主动攻击萧铣手下猛将文士弘的部队，大败而归。又是李靖观察到敌军阵型混乱，二次攻击，扭转了战局，也挽回了李孝恭的面子。
当然，纵使临阵指挥有所非议，但是李孝恭于后勤保障、人事安排、稳定军心等等方面，的确是能力卓越，少有人及。
平定长江以南之后，李孝恭官拜扬州大都督，镇守江南。
但没多久，有关李孝恭意图造反、自立为王的谣言就传开了……李孝恭自己请求卸去一切军职，老老实实的回到长安府邸之中，过起了穷奢极欲的生活，再也没有踏入军营一步。
眼下李二陛下意欲李孝恭时隔多年之后再掌军权，且一出手便是安西大都护这等显赫职位，孤悬西域军政大权尽皆在手，甚至危及之时君命有所不受，这其中之意味，实在是令人浮想联翩……
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