可惜魏学曾的仁义之举又怎是万历皇帝所能理解的？魏学曾被抓押送京城时，不仅朝廷数十名朝臣施援营救，前线将士也哭泣送别，可见魏学曾是难得忠勇仁义的好官。
但说起魏学曾，与张居正有一段过节。魏学曾与张居正同岁（即1525年生人），但考中进士要晚好几年。
张居正担任次辅时，也就是高拱担任首辅时，魏学曾担任吏部左侍郎，是高拱的左臂右膀。高拱很重用他。
然而时运不济，隆庆皇帝（高拱是他的老师）英年早逝，高拱这个老师自然就不得宠了，加上高拱性格又比较刚烈，结果被李太后陈太后罢黜了。，当时朝野震惊。
《明史》中有这样一段话：“穆宗崩，大学士高拱欲去冯保，属言官论劾。学曾遗书大学士张居正曰：`外人皆言公与保有谋，遗诏亦出公手。今日之事，不宜复护此阉。`居正怒。及拱被逐，举朝失色，学曾独大言曰：`上践阼伊始，辄逐顾命大臣，且诏出何人，不可不明示百官。`要诸大臣诣居正邸争之，诸大臣多不往……”
简单翻译一下。
就是说隆庆皇帝死后，高拱想驱逐冯保，指使言官弹劾冯保。魏学曾作为高拱的第一号粉丝提醒张居正：“外面的人都说你与冯保联盟，遗诏也是出自你们之手，眼下高拱要对付冯保，你不宜再庇护冯保这个太监了。”
张居正很生气。
本以为高拱会胜，结果高拱被罢黜回籍，朝中没有一个人敢吱声，唯独魏学曾站出来质问张居正：“新皇（万历皇帝）刚登基不久，就驱逐顾命大臣（隆庆皇帝驾崩时，顾命大臣四个：高拱、张居正、高仪、冯保），且遗诏到底出自何人，要给文武百官交代明白。”不仅当面质问张居正，还要率领文武百官去张居正府邸争个明白，可其他大臣都不敢去。
张居正更是生气。
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