原来，老残的师兄，美利坚神医波特医生在了解到了老残的遭遇后，给他的老师雄凤山神医发了一封电报。
得知此事的雄凤山老神医觉得其中必然大有玄机，便又上报给了东厂二把手，副提督野牛婶婶。
经过野牛婶婶缜密的侦查，最终发现，这个混入其中的伪清御医的真实目的，不仅仅想要窃取大明的医学知识，试图复活同治伪帝；
更想通过这次培训班，伺机绑架大明东厂提督，万岁爷心腹中的心腹，李春发李公公的独子——李复明医生。
他们的计划是，绑架李复明之后，要挟李春发公公，取回同治的尸体加以研究，以达到反明复清，复辟伪清的邪恶目的。
南镇抚司的缉捕艇在公海上追到了扁鹊号，并与已经劫持该船的伪清余孽展开战斗。
最终，邪恶的伪清余孽被消灭了，但扁鹊号也受损严重，不得不返回码头。
一个月后，几经波折的赤脚医生培训班终于在石家庄白夏儿医院开幕了。
大明天子朱富贵以及皇后娘娘白夏儿也亲自到访。
老残穿着绣着红葫芦的青衣，在人群中幸福地望着英武无比的天子，露出微笑。
他最终赢得了胜利，成为了一名光荣的大明赤脚医生。
与此同时，他也得到了年轻、美貌、可爱的西班牙女郎劳拉的爱情。
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